Ο Σύλλογος «ΑΓΑΠΗ» ιδρύθηκε το 1989 με πρωτοβουλία γονέων, κηδεμόνων και φίλων των ατόμων παιδιών με αναπηρία (νοητική υστέρηση και ελαφρές αναπηρίες) και ανέλαβε τη συνέχιση του «Προγράμματος Εκπαίδευσης Παιδιών με Ειδικές Ανάγκες», που η τοπική ΧΕΝ λειτουργούσε άτυπα σε εθελοντική βάση στο Ρέθυμνο, από το 1984. Το πρόγραμμα ονομάστηκε «Μονάδα Ημερήσιας Περίθαλψης Εκπαίδευσης και Επαγγελματικής Κατάρτισης ΑμεΑ».
Το 2015 ιδρύθηκε η δομή του Συλλόγου, ΚΕΝΤΡΟ ΔΙΗΜΕΡΕΥΣΗΣ – ΗΜΕΡΗΣΙΑΣ ΦΡΟΝΤΙΔΑΣ για άτομα με αναπηρία, Νοητική Υστέρηση «ΑΓΑΠΗ».