Διοικητικά όργανα του Συλλόγου είναι:
α) η Γενική Συνέλευση
β) το Διοικητικό Συμβούλιο
γ) η Εξελεγκτική Επιτροπή
δ) το Επιστημονικό Συμβούλιο
Πρόεδρος: Ο Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Κος Πρόδρομος
Αντιπρόεδρος: ο κος Γρηγόριος Τσιομπίκας
Γενική Γραμματέας: η κα Βασιλική Γαβαλά
Ταμίας: η κα Μαρία Δοκιμάκη – Παλαφούτη
Ως μέλη του διοικητικού συμβουλίου εξελέγησαν:
η κα Ελένη Μοσχονά, η κα Ειρήνη Κουτσαλεδάκη, και ο κ. Εμμανουήλ Ραπτάκης.
Εκπρόσωπος της Π.Ε. Ρεθύμνης η κα Μαρία Καββάλου
Εκπρόσωπος του Δήμου Ρεθύμνης η κα Άννα Ελευθεριάδου-Γκίκα.
Το νέο διοικητικό συμβούλιο θα έχει τετραετή θητεία.
Σε σώμα συνήλθε την Δευτέρα 20 Μαρτίου 2023, το διοικητικό συμβούλιο του Συλλόγου «ΑΓΑΠΗ», μετά τις αρχαιρεσίες που πραγματοποιήθηκαν την Παρασκευή 24 Μαρτίου 2023.